GENIGMA is een spel in de vorm van een app voor smartphones dat gebruik maakt van collectieve intelligentie om genomische referentiekaarten voor bepaalde kankers te helpen samenstellen. Een leuk, gratis spel om de wetenschap vooruit te helpen.
Bij het onderzoek naar het menselijk genoom wordt gebruik gemaakt van de rekenkracht van een heel groot aantal computers over de gehele planeet. Het idee van een team van Catalaanse wetenschappers was om een fractie van de kracht van de aangesloten computers te gebruiken om de lay-out van het genoom te ontdekken.
De onderzoekers zetten in op het aantal IOS- of Android-smartphones dat in de wereld is aangesloten en de rekenkracht die door een spel wordt gegenereerd. GENIGMA, zoals het spel heet, is een videospel dat spelers uitnodigt puzzels op te lossen terwijl ze echte wetenschappelijke gegevens genereren om veranderingen in genomische sequenties op te sporen.
Een naald in een hooiberg
Het is bekend dat veel kankers die veranderingen vertonen, maar er is tot op vandaag geen referentiekaart. Dit beperkt zowel het fundamenteel onderzoek om de kankers beter te begrijpen als het toegepast onderzoek om nieuwe behandelingen te ontdekken. Dergelijke kaarten zouden het bijvoorbeeld mogelijk maken genen van therapeutisch belang te lokaliseren.
Er bestaan methoden om genomische referentiekaarten te maken door het genoom in driedimensionale ruimte te visualiseren. Dit vergt echter veel tijd en middelen om de kunstmatige intelligentie te trainen, en ook een enorme rekenkracht.
Daarom stelden de onderzoekers in Barcelona voor om gebruik te kunnen maken van de collectieve intelligentie van een set van vele smartphones. Wat is er aantrekkelijker dan hun deelname aan een spel aan te bieden?
Spelen maar!
Bij GENIGMA kunnen spelers puzzels oplossen met een keten van blokken van verschillende kleuren en vormen. Elke keten vertegenwoordigt een genomische sequentie in de kankercellijn, en de manier waarop de spelers de blokken rangschikken is een mogelijke oplossing voor de plaats van het gen.
Na het downloaden van de app wordt de spelers gevraagd de blokken te herschikken om een zo hoog mogelijke score te behalen. Hoe meer spelers en hoe hoger de scores, hoe waarschijnlijker het is dat de onderzoekers de juiste volgorde hebben gevonden voor die bepaalde locatie in de referentiekaart.
Voor de lancering kozen de onderzoekers ervoor een T-47D borstkanker cellijn aan te pakken. Als 30.000 spelers elk vijftig spelletjes spelen, zou dit volgens hen voldoende moeten zijn om 20.000 referentiegenen voor deze cellijn te bepalen. Het spel zal drie maanden lopen. Elke maandag zullen de onderzoekers een of meer fragmenten van het genoom inbrengen. De eerste hebben betrekking op chromosoom 17, waarop het beroemde BRCA1 zich bevindt.
